La différence réside dans le fait que les "flotsams" flottent sur l'eau tandis que les "jetsams" restent sous l'eau:

Selon l'excellent site http://www.hyperdictionary.com/dictionary/

flotsam:\Flot"sam\, Flotson \Flot"son\, n. [F. flotter to float. See {FFlotilla}, and cf. {Jetsam}.] (Law) Goods lost by shipwreck, and floating on the sea; -- in distinction from jetsam or jetson. --Blackstone.

Jetsam: Jetson \Jet"son\, n. [F. jeter to throw: cf. OF. getaison a throwing. Cf. {Flotsam}, {Jettison}.]
1. (Mar. Law) Goods which sink when cast into the sea, and remain under water; -- distinguished from flotsam, goods which float, and ligan, goods which are sunk attached to a buoy.
2. Jettison. See {Jettison}.

Silmo

Sur le site http://hydro.marseille.free.fr/etymologie.htm, se trouve une "étymologie de termes marins anglais"  qui donne les définitions suivantes :

Jetsam: Vieux terme juridique pour désigner ce qui est jeté par-dessus bord lors d’un événement de mer. L’action est le jet à la mer (to jettison du vieux français jetteson provenant lui-même du latin iactationem de iactare, jeter.)

Flotsam: Se dit pour qualifier une épave, des débris à la dérive. L’origine est le latin fluctus une vague puis fluctuationem, ce qui flotte, qui a donné le vieux français floteson (à rapprocher de flottaison) et enfin flotsam lorsqu’il a été emprunté par l’anglais.

Sinon, c'est aussi le nom d'un groupe de rock (métal semble t'il) mais euh...je ne connais pas ;o)

Ce nom, traduit en français par "épaves" ou quelque chose dans le genre, m'interpelle, puisqu'il s'agit aussi du nom que Disney a donné aux deux murènes dans la Petite Sirène (un des derniers D.A réussi de Disney, en passant): Jetsam et Flotsam !